紅衝發票操作流程：1.首先需要申請開具紅字專用發票，向主管稅務機關提交。2.稅務機關根據納稅人提交的申請單，審覈後，透過紅字票通知單管理系統開具通知單。3.企業收到稅務機關開具的通知單，可以在開票系統中開具紅字專用發票。
如果是購買方開具紅字發票，需購買方申請，步驟同上，只是要將申請之後稅務機關開具的通知單交與銷售方，讓銷售方開具紅字專用發票。
紅衝發票，就是衝減原銷項，然後開具正確的發票重新入賬，跨月的則需要開紅字發票。
關於紅衝發票的規定：凡發生銷貨折讓或退回，能取回原發票的，如果銷貨方未作賬務處理，可將收回的發票聯粘附在存根聯後面依次註明“作廢”，屬於銷售折讓的，應按折讓後的貨款重新開具銷售發票給購貨方，不得開具紅字發票;如果銷貨方已作賬務處理，可開具相同內容的紅字發票，以紅字發票記賬聯抵減當期的銷售收入。
