養殖過程中難免會出現不良水色—紅水，這主要是因爲池底累積的有機質過多，或水體懸浮有機硝過多，水體富營養化而引起的甲藻大量繁殖所造成的。那麼甲藻的消滅方法是什麼呢？
1、用硫酸銅全池潑灑，使池水含藥爲每立方米0.7克，在下風處要重灑。隔1-2天后，藻體死亡分解，適當加入新水，改善水質。
2、利用甲藻在水溫、pH值等環境突然改變後將會大量死亡的特性，當它大量繁殖時，用加入大量新水和撒入石灰的辦法，抑制其繁殖生長。
3、在光照和水溫適宜時，甲藻能夠在短時期內大量繁殖，與硅藻一樣爲海洋動物的主要餌料，故有“海洋牧草”之稱。但也時常由於突然死亡而造成毒害，常稱爲“赤潮”，引起魚蝦死亡，所以需要消滅才行。
另外，甲藻對水溫的要求亦較其他藻類明顯，水溫恆定的水層與水溫變化的水層分佈的種類不同。
