月牙泉是人工的。關於月牙泉的起源主要有四種說法，三種是自然形成，一種是說人工開採。但是，現在的月牙泉確實是人工的。20世紀70年代中期，當地墾荒造田抽水灌溉及周邊植被破壞、水土流失，導致敦煌地下水位急劇下降，月牙泉的水位也急劇下降。因此，敦煌市採取了多種方式給月牙泉補水。
月牙泉是人工的還是天然的
月牙泉存水最少的時間是在1985年，那時月牙泉平均水深僅爲0.7～0.8米。由於水少，當時泉中乾涸見底竟可走人，而月牙泉也形成兩個小泉不再成月牙形。從2000年開始，敦煌市採取應急措施，在月牙泉周邊回灌河水補充月牙泉水位，使月牙泉暫時免於枯竭。
2004年的水位下降至1.3米，泉水面積減小到7.8畝。月牙泉水位在1米左右迴旋，如果不進行根本性治理，月牙泉這一世界級遺產將面臨乾涸枯竭的危險。隨着國家開發銀行2000萬元貸款落實到位，月牙泉水位下降應急治理工程也將於2006年年底開工。 將透過“節水”、“補水”、“引水”等多種方式來解救月牙泉。
隨着甘肅敦煌月牙泉應急治理工程部分投入使用，月牙泉水位不斷回升。敦煌月牙泉再生“子泉”，出現“三泉相依” 奇觀。同時，這也使得月牙泉變成了人工養殖的“泉水”。
