任何貿易方式都存在風險，但轉口貿易的風險並不比普通貿易方式更高。下面說說第三國轉口物流主要存在的風險。
1、失去貨物控制權的風險。一般情況下，由於個別企業信用的缺失，導致出口企業無法控制貨物，或貨物丟失。因此，選擇一個可信度高且規模大的轉口運輸代理是非常重要的。【建議選擇規模大，且有多年轉口貿易操作經驗的公司合作。我司在出貨前會跟客戶簽訂一份轉口運輸協議，及出具全程提單給客戶，以徹底規避客戶失去貨權的風險】
2、目的港無法清關的風險。造成貨物無法清關的原因有檔案真實性問題、目的港海關查驗。市面上有一些自稱能做轉口運輸的公司因爲出不了真實的檔案而提供給你虛假的檔案，導致在目的港清關時出現問題，從而給做轉口的外貿企業增加了風險。【現在的轉口貿易市場比較亂，主要的原因是有許多並沒有轉口實力的貨代公司出具虛假的中轉國產地證檔案。在遭受目的港反查時，會被發現，並導致高額罰款。我們建議選擇在中轉國能出具完全真實可靠並能保證能在目的港清關的檔案的轉口物流供應商合作。只要檔案真實有效，目的港清關不會有什麼問題的】
3、政策性風險。進口國海關對轉口運輸發起調查，會監控從第三國進口的對應產品的進口量，並可能採用加大對來自於第三國產品的查驗力度，從而導致相關風險。【轉口貿易服務的核心在於中轉第三國的轉口操作，而第三國的轉口操作最重要的就是保證相關各類檔案的真實可靠。這樣纔能有效的規避由於查驗帶來的風險。】
縱上所述，在決定做轉口貿易時，必須認真挑選好轉口物流服務商。必須選擇規模大，有多年轉口貿易操作經驗，且能保證出具第三國檔案真實性，並且能配合反查的公司合作，只有這樣才能把轉口貿易的風險降至最低！那些只有幾個人的公司，也來做轉口，其風險和服務質量可想而知了。
