伊犁將軍是官職。西域都護和伊犁將軍都是官職，西域都護府纔是機構。伊犁將軍，全稱爲總統伊犁等處將軍，是清朝乾隆帝平定準部和回部之後設立的新疆地區名義上的最高軍政長官，正一品武官。伊犁將軍轄境東到哈密和巴里坤、西到蔥嶺和楚河、塔拉斯河流域，北到巴爾喀什湖和額爾齊斯河中上游，南到崑崙山。
西域都護是較大的官職,位列封疆大吏,官秩二千石。漢時期的西域都護府倒是比較靠近伊犁河流域。伊犁將軍從級別上而言應該是鎮守伊犁地區的從屬於西域都護的次兩級官員,手握一地軍權,名義上是聽都護調遣。”
乾隆二十七年，任命明瑞爲第一任伊犁將軍，1912年志銳作爲最後一任伊犁將軍而結束。伊犁將軍節制塔爾巴哈臺參贊大臣、烏魯木齊都統、喀什噶爾參贊大臣。
伊犁將軍有統率駐軍、考察官吏、屯田置牧、組織生產、核徵賦稅、巡邊守土等職能。1884年新疆建省後，伊犁將軍則只負責伊犁和塔爾巴哈臺的防務和軍政。
