《使徒行者2諜影行動》結局是井進賢和程滔在對峙中都受了重傷，但並沒有交代兩人是否死，在這裏留下了一個懸念，最後的鏡頭停留在兩人小時候愛玩的魔方上面，就完結了。
《使徒行者2諜影行動》最後結局的留白給觀衆們留下了想象的空間，你可以覺得這對不同立場的兄弟最後都死了，也可以覺得沒有死。現實是很殘酷的，井進賢和程滔本來小時候是很好的玩伴，但成年後，一個人成爲了警察，一個人成爲了恐怖分子。
再次相遇，大家都有各自的立場，你我早已成爲敵人，世事變遷，造化弄人。三十年前的井進賢(古天樂飾)救了程滔(張家輝飾)，這份恩情程滔一直謹記在心，一帶着找回“兄弟”的信仰成爲了一名優秀的警察，但沒想到井進賢卻爲恐怖組織做事，程滔作爲警察，不能辜負國家，待還了井進賢人情後，自己和井進賢就是敵人，最後的交戰也是非常激烈，兩人都身負重傷，生死未卜。
