1、性質不同，宇宙飛船是一種運送航天員、貨物到達太空並安全返回的一次性使用的航天器。航天飛機是可重複使用的、往返於太空和地面之間的航天器，結合了飛機與航天器的性質。2、用途不同，航天飛機是運載火箭的升級產品，用途是將地面物體送到地球軌道上。而宇宙飛船則是在外太空之間飛行使用的。3、結構不同。
航天飛機最需要的是脫離地球引力，因此它有自己的動力系統和巨大的外掛燃料箱，爲了減少空氣阻力並在降落時充分利用空氣動力，航天飛機具備非常漂亮的氣動外形。
宇宙飛船雖然也有動力系統，但現階段的動力源主要是太陽能電池，因此它不需要外接動力源。由於宇宙飛船是在外太空飛行，在外形上沒什麼特殊要求，因此看起來比較醜。
航天飛機最初是美國軍方提出的運載火箭的替代產品，在設計要求方面除了載人、運送衛星外，能往返、可重複使用也是其最重要的性能指標。而宇宙飛船通常是爲了特定目的而進行特定設計的，比如神舟5號、神舟6號除了內部結構外，外形在很大程度上是爲了航天員的安全返回而設計的。
