膠原蛋白是從各種膠類物質中提取的。提取一般有三種方法：一是高壓輔助的物理方法；二是用溶劑預處理結合低溫或熱水抽提的化學方法，根據溶劑的不同，可分爲熱水浸提法、酸法、鹽法；三是用酶的生物化學法。一般來說，高壓輔助和熱水抽提針對明膠的提取，而低溫抽提和酶法針對膠原的提取，但其基本原理都是根據膠原蛋白的特性改變蛋白質所在的外界環境，把膠原蛋白從其他蛋白質中分離出來。
膠原蛋白是生物高分子，動物結締組織中的主要成分，也是哺乳動物體內含量最多、分佈最廣的功能性蛋白，佔蛋白質總量的25%～30%，某些生物體甚至高達80%以上。
畜禽源動物組織是人們獲取天然膠原蛋白及其膠原肽的主要途徑，但由於相關畜類疾病和某些宗教信仰限制了人們對陸生哺乳動物膠原蛋白及其製品的使用，現今正在逐步轉向海洋生物中開發。歐洲食品安全局（EFSA）已證實了即使是動物骨骼來源的膠原蛋白也不存在感染瘋牛病和其它相關疾病的可能。
由於氨基酸組成和交聯度等方面的差異，使得水產動物尤其是其加工廢棄物——皮、骨、鱗中所含有的豐富的膠原蛋白具有很多牲畜膠原蛋白所沒有的優點，另外來源於海洋動物的膠原蛋白在一些方面明顯優於陸生動物的膠原蛋白，比如具有低抗原性、低過敏性等特性。因此水產膠原蛋白可能逐步替代陸生動物膠原蛋白。
