甲魚整個內臟都要去除。因爲甲魚的膽囊和內臟裏有很多垃圾和細菌，不僅會影響烹飪的口感，還可能給人體帶來不適。具體方法：從甲魚的裙邊底下沿周邊割開，將蓋掀起，去除內臟；還有一種方法，是用剪刀或尖刀在甲魚的腹部切開十字刀口，挖出內臟，用清水洗淨。
甲魚什麼部位不能吃
甲魚，是鱉的俗稱，也叫團魚、水魚、是卵生兩棲爬行動物，是龜鱉目鱉科軟殼水生龜的統稱。共有20多種。中國現存主要有中華鱉、山瑞鱉、斑鱉、黿，其中以中華鱉最爲常見。甲魚不僅是餐桌上的美味佳餚，上等筵席的優質材料，還可作爲中藥材料入藥。
需要注意的是，甲魚內臟中腥味較重的部位即黃膏，黃膏就是甲魚的脂肪，呈嫩黃色，多在四肢肌肉中間，肥膩且帶有腥羶氣味。甲魚開蓋清理時，一定要把脂肪用刀刮淨，去除腥氣。甲魚血要放乾淨，因爲血液可能有寄生蟲，不宜食用。
還有，在甲魚宰殺洗淨後，下鍋烹飪前還有一個很重要的步驟，就是必須要把甲魚身上的一層砂皮處理乾淨。甲魚因爲常年在沙土裏鑽，身上會磨出一層老皮來，是不能吃的，必須剝乾淨。但如果購買的甲魚質量是好的，那麼腥味就不會那麼濃。
